DITINJAU dari sudut penulisan sejarah Raja Ali Haji, sekurang-kurangnya beliau menghasilkan dua judul sejarah keagungan bangsa Melayu, iaitu Salasilah Melayu dan Bugis dan Tuhfat an-Nafis fi Ahwal Baina al-Muluk al-Malayu ma'a al-Buqis.
Judul terjemahan dalam bahasa Melayu oleh Raja Ali Haji sendiri, ialah Tuhfat an-Nafis. Ia menyatakan mengenai kelakuan raja pada raja-raja Melayu dan Bugis. Raja Ali Haji mula menulisnya, pada 3 Syaaban Hijrah/ 22 November 1865 Masihi (M) dan selesai penulisan, 17 Rejab Hijrah/25 Disember 1866 M.
Dalam fasal pertama Tuhfat an-Nafis, Raja Ali Haji menceritakan asal usul-usul keturunan raja-raja Melayu. Menurutnya, seorang bernama Raja Seri Teri Buana turun dari Bukit Siguntang dan terus ke Palembang, Bentan dan kemudian mendirikan kerajaan di Singapura.
Selepas itu, Raja Ali Haji, menyatakan maksudnya untuk menulis kitab itu. “Tetapi pada kitab ini bukan niat saya ingin bercerita panjang kerana sebelum ini ada orang terdahulu yang sudah bercerita panjang berkaitannya.
“Kitab itu ada yang disurat dengan tangan, ada yang dicetak. Ada pun aku perbuat ini sekadar hendak menyatakan peraturan yang jatuh perjalanan antara raja-raja Melayu dengan raja-raja Bugis. Pada masa itu, Raja sebelah Johor dengan raja sebelah Bugis dan raja-raja sebelah Pulau Perca supaya mengetahui jalan dan sebab bercampur nasab setengah atas setengahnya." (halaman 2 - 3).
Selepas cerita yang agak panjang pada fasal yang berikutnya, Raja Ali Haji meriwayatkan bahawa Raja Melayu (selepas di Melaka) yang mula masuk Islam ialah Raja Kecil Besar kerana baginda bermimpi berjumpa Nabi Muhammad S.A.W.
Nabi Muhammad S.A.W mengajarnya mengucap dua kalimah syahadah. Selanjutnya ketika siang hari Raja Kecil Besar berjumpa seorang ulama yang datang dari Jeddah, iaitu Syeikh Mudawim. Kepada ulama itu beliau belajar mengenai agama Islam.
Selain itu, menurut Raja Ali Haji pula, bahawa baginda itu seorang Raja Melayu yang adil. Baginda kemudiannya digelar Sultan Muhammad Syah (halaman 4 - 5).
Pada fasal di atas, masih pada halaman 5, bahagian bawah juga menarik dibicarakan oleh Raja Ali Haji mengenai Hang Tuah. Sebagaimana dimaklumkan dalam riwayat bahawa Hang Tuah berasal dari Sungai Duyung. Ayahnya bernama Hang Mahmud.
Beberapa tahun lalu, ada orang mengemukakan pendapat bahawa Hang Tuah adalah seorang Cina, iaitu Hang Tu Ah. Menurut Raja Ali Haji dalam Tuhfat an-Nafis, beliau menulis, "pada masa kerajaan Sultan Mansur Syah mengutus ke Bugis kepada Raja Gowa dengan membawa beberapa bingkis dan hadiah kiriman. Maka dibalasnya oleh Raja Gowa dengan seorang anak raja-raja yang pada negeri kecil, iaitu bernama Daeng Mempawah. Akhirnya ia bergelar Laksamana Hang Tuah yang kemudiannya masyhur di Melaka serta menjadi hulubalang yang perkasa. Hang Tuah juga membunuh Hang Jebat yang menderhaka ..."
Tulisan Raja Ali Haji di atas banyak perkara boleh kita bahas, bahawa nama Hang Tuah ketika kecil ialah Daeng Mempawah. Mempawah pada konteks yang lain pula adalah sebuah kerajaan di Kalimantan Barat.
Raja Mempawah yang pertama ialah Upu Daeng Menambon. Sama ada nama Mempawah atau Upu Daeng Menambon banyak kali disebut dalam Tuhfat an-Nafis. Sekiranya kita berpegang pada kenyataan Raja Ali Haji, seperti yang disebutkan di atas, jelas bahawa pendapat yang mengatakan Hang Tuah atau Hang Tu Ah adalah seorang Cina, bukan Melayu atau pun Bugis tertolak dengan sendirinya.
Masuk pada bahagian akhir Tuhfat an-Nafis, Raja Ali Haji menulis, "Tamatlah pekerjaan Sultan Mahmud itu. Habislah kisahnya. Dan tinggal Yang Dipertuan Muda Raja Muhammad Yusuf di dalam Riau, serta isterinya, putera Sultan Mahmud al-Marhum itu.
“Maka tetaplah Yang Dipertuan Muda Raja Muhammad Yusuf memerintahkan Riau dengan segala daerah takluknya sebagaimana aturan Paduka Ayahandanya Marhum yang dulu pada pangkatnya. Ada pun Yang Dipertuan Besar Sultan Sulaiman Badrul Alam Syah tetap pula di dalam Lingga ..." (halaman 274).
Raja Ali Haji mengakhiri Tuhfat an-Nafis dengan kisah Temenggung Tun Abu Bakar di Singapura, kata beliau, "Sebermula, ada pun Temenggung Tun Abu Bakar di Singapura ia pun menggantikan ayahandanya Temenggung Ibrahim Engku Dahing Kecik bergelar Temenggung Seri Maharaja Johor.
Ia menjalankan sebagaimana jalan ayahandanya juga antara sanak saudaranya yang di dalam negeri Riau. Maka demikianlah halnya sehari-hari pada masa membuat siarah dan sejarah ini. Akhir-akhir kesudahannya kitab Tuhfat an-Nafis ini maka tamatlah kisah cerita antara Raja Melayu serta Bugis daripada anak cucu Upu yang lima beradik dengan anak cucu Raja-Raja Melayu keturunan Marhum Sultan Abdul Jalil yang mangkat di Kuala Pahang serta Raja Kecik di Siak." (halaman 274 - 275).
Akhir sekali Raja Ali Haji berpesan,. "Syahdan di belakang ini kelak, sesiapa daripada anak cucuku hendaklah mengubungnya siarah ini patutlah. Tetapi dengan jalan yang patut dan ibarat perkataan yang wadhih (maksudnya: yang jelas, pen:), dan sah, serta aturan yang berpatutan, serta benar, supaya terpakai ..." (halaman 275).